V roce 2001 došlo v rámci průzkumu podzemí, u příležitosti architektonické úpravy Jakubského náměstí, k zajímavému objevu. První průzkumné sondy nejprve narazily pouhých třicet centimetrů pod úrovní vozovky na lidské ostatky z původních hrobů a naznačily tím možnost dalších překvapujících nálezů. Na místě, kde do roku 1785 stávala kaple sv. Mořice, odhalila půl metru pod povrchem další sonda rozlehlou podzemní kryptu, zcela zaplněnou lidskými kostmi. Potvrdil se tak předpoklad, vyplývající z některých historických pramenů, že zde byla vybudována jedna ze zapomenutých brněnských kostnic. Největší překvapení však čekalo na archeology jen o pár metrů dál, v bezprostřední blízkosti kostela sv. Jakuba.

Brněnský kostel sv. Jakuba byl vystavěn někdy na počátku 13. století. V roce 1231 získal farní právo a s ním kromě možnosti křtít a oddávat i právo pohřbívat. Podoba sv. Jakuba doznala během staletí několika změn. Na místě původní románské stavby započala v 15. století stavba nového chrámu, jehož dnešní podobu pak určila především regotizační úprava z druhé poloviny 19. století. Na hřbitově, založeném kolem tohoto svatostánku, se zpočátku pochovávali jen kolonisté přicházející do Brna z Flander, Německa a Valonska. Čeští starousedlíci byli k věčnému odpočinku ukládáni na hřbitov u kostela sv. Petra. Po úpravě hranic svatopetrské a svatojakubské farnosti roku 1293 pak byli na oba dva hřbitovy lidé pochováváni již jen podle farní příslušnosti.

Hřbitov obklopující kostel sv. Jakuba se však rychle plnil. Omezený prostor, stále více svíraný městskou zástavbou brzy vyžadoval úsporné hospodaření s místem. Hroby byly hloubeny blízko sebe, později se začaly překrývat. Díky dlouhodobému využívání pohřebiště a vršení novějších hrobů na starší se úroveň hřbitovního terénu, obehnaného mohutnou zdí, zvedla vysoko nad okolní povrch. V druhé polovině 16. století přestala veřejná pohřebiště, soustředěná při farních kostech kapacitně postačovat rozrůstající se brněnské populaci, a proto byl roku 1580 založen nový hřbitov, situovaný za hradební zdí před Veselou bránou. Na tento hřbitov pak byli následně pohřbíváni méně majetní Brňané a příslušníci nižších stavů. Těm významnějším a majetnějším občanům bylo znemožněno ukládat se k věčnému spánku v blízkosti kostela sv. Jakuba až roku 1784, kdy vešla v platnost císařská nařízení, zakazující z hygienických důvodů pohřbívání uvnitř měst. Zavádění Josefínských reforem stálo také za rušením mnohých stávajících hřbitovů a to postihlo i pohřebiště u sv. Jakuba.

Starý hřbitov byl srovnán s okolním povrchem, obvodové zdi strženy a hroby zrušeny. Plocha bývalého hřbitova byla rozparcelována a v dražbě prodána. Neslavně dopadla i většina náhrobních kamenů, které byly prodány nebo použity na vydláždění Jakubského náměstí. Desetitisíce kostí zesnulých pak bylo nutné vyjmout ze země a uložit do kostnic.

Kostnice vznikaly po celé Evropě již od 13. století. Stejně jako v Brně omezené prostory pohřebišť při farních kostelech, často obklopených městskou zástavbou, nestačily pojmout rostoucí počet nebožtíků a zvláště v období válek či morových epidemií bylo nutné hledat „náhradní řešení“.

Nebylo zvláštností, že se těla ukládala do hrobu jen na nějakých deset, dvanáct let, pak byly kosti ze země vyzvednuty a hrob byl znovu k dispozici pro další pohřeb. V dobách nejtěžších, kdy evropská města vylidňovaly smrtící epidemie, se potom v některých oblastech stalo nutností uložení do země jen na dobu nezbytně nutnou k tomu, aby se měkké tkáně oddělily od kostí. Ty byly vzápětí z hrobu vyjmuty a vhozeny či naskládány do kostnic či velkých společných jam. Hrob byl následně ihned na chvíli „propůjčen dalšímu čekateli“. Brno zasáhla epidemie moru či cholery několikrát. Stalo se tak v letech 1349, 1355, 1439, 1495, 1558, 1571, 1577, 1583, 1648, 1709 a 1713. V těchto neveselých časech umíralo i několik desítek lidí denně a bylo potřeba, většinou s vypětím všech sil, udržet ve městě jakž takž snesitelnou situaci. Druhotná úložiště lidských ostatků to pak přeživším obyvatelům Brna částečně umožňovala. Poblíž kostela sv. Jakuba a bývalého přilehlého hřbitova bylo zřízeno hned několik kostnic. Bohužel se ale nedochovaly žádné prameny, blíže specifikující kde se tato osária nacházela a jakou měla podobu.

První nadějné nálezy roku 2001 vnesly velké očekávání do dalšího hledání a to pak pokračovalo v jižní části Jakubského náměstí. Mezi kostelem a rohem Rašínovy ulice odhalila sonda v hloubce asi čtyř metrů cihlovou zeď, ze které se po jejím probourání začaly sypat lidské kosti. Podél zdi, stáčející se směrem ke kostelu, byla následně vyhloubena podzemní štola a dalším, o deset metrů severněji vedeným průrazem zdi bylo potvrzeno, že se skutečně jedná o kostnici a ne jen o volnou skládku hřbitovních kostí.

Vlastní průzkum objevené kostnice mohl začít. Po vniknutí do zděného klenutého prostoru se archeologové ocitli v podzemní chodbě, místy až po klenbu vyplněné lidskými ostatky. Aby byla co nejefektivněji využita kapacita krypty, byly kosti do podzemí pečlivě po vrstvách vyskládány. Někde byly vrstvy doslova slepené nehašeným vápnem, kterým se prosypávaly zejména ostatky obětí smrtelných epidemií. Aby průzkum mohl pokračovat, bylo nutné vrstvy kostí postupně rozebrat a vynést je do provizorních sklepních úložišť. Vyklízením kostí se před průzkumníky otevíraly další a další podzemní prostory, které udivovaly nejen svým obsahem, ale i poměrně zachovalým stavem a rozlehlostí.

Chodba kostnice dovedla objevitele nejprve ke křížení, kde se krypta dál rozdělovala do dvou nových směrů. Jihozápadní větví pronikli do velké, ostatky zaplněné obdélníkové komory, k severu se stáčející cesta přivedla průzkumníky až k základové zdi kostela sv. Jakuba. Tady se chodba nejprve zúžila, aby vzápětí vyústila do obrovské tříkomorové krypty, zcela zaplněné kostmi mnoha tisíců lidí.

Předpokládá se, že tato velká kostnice, nacházející se pod západní částí kostelní lodě byla založena v 17. století. Do dvou velkých hranic sem byly ukládány kosti z nedostačujícího hřbitova a později i z rušených kostelních hrobek. Po jejím naplnění bylo vstupní schodiště, sestupující sem ze středu kostela, napevno uzavřeno kamennou deskou, označenou letopočtem 1746. Již v roce 1741 však vydal olomoucký biskup povolení k vybudování kostnice nové. Ta byla nákladem 250 zlatých vystavěna pod náměstím při jižní zdi kostela a s tříkomorovou starou kostnicí spojena do oblouku se stáčející chodbou. I tato kostnice však byla během pouhých šesti let naplněna. Bylo proto rozhodnuto o dalším rozšíření osária a z chodby vedoucí k nové kostnici byla budována odbočka, která měla novou kostnici obejít a propojit celý komplex se stavbou stojící v jihozápadní části hřbitova. Ta nesla na starých mapách označení Totenkapelle, tedy kaple mrtvých a i ona sloužila pravděpodobně jako další osárium.

Nová, 18 metrů dlouhá chodba však nikdy až do kaple mrtvých nedosáhla. Její stavba byla zastavena a kaple zrušena či zlikvidována při pozdějším budování Rašínovy ulice. I prostory nedokončené slepé chodby však byly využity jak jinak, než pro uložení kostí. Právě do této části komplexu se pak v roce 2001 podařilo proniknout na počátku průzkumu a odtud byl celý systém osária následně odhalen.

O tom, jaký byl ve svatojakubské farnosti nedostatek místa k pohřbívání nebožtíků, svědčí i další nález, který v roce 2003 překvapil badatele, historiky a památkáře. Se souhlasem brněnského děkana a faráře u sv. Jakuba Václava Slouka, byly 26. května toho roku postupně otevřeny všechny známé kostelní hrobky. V jihovýchodní části závěru presbytáře pak byl pod kamennou deskou odhalen další prostor využitý jako kostnice. Hrobka byla až po okraj naplněna lidskými kostmi, ale k důkladnějšímu průzkumu nedošlo. Rozsah tohoto úložiště byl pouze odhadnut a nález zdokumentován. Zajímavý objev se při otevírání hrobek podařilo učinit i v hrobce situované ve střední části kostelní lodě, při jižní stěně sv. Jakuba. Tam na historiky čekal doslova tajný depozitář starých a velmi vzácných náhrobních kamenů, pocházejících z podlahy kostelní lodě. Stály tu neuspořádaně zapomenuté zřejmě z 18. století, kdy byla podlaha kostela nově vydlážděna. Některé z náhrobních kamenů byly tehdy prodány, některé použity při úpravě terénu v okolí sv. Jakuba, jiné vsazeny do obvodových zdí kostela a tyto, zřejmě zvlášť ceněné, v tichosti uloženy do poloprázdné hrobky. Kromě jiných se tu podařilo identifikovat náhrobní kameny brněnského primátora Georga Stromanse z Althoffu (+1660), lékárníka od Červeného raka Heinricha Nasse (+1698) či měšťana Kryštofa Langhausera (+1535).

Bylo zřejmé, že se archeologům podařilo pod Jakubským náměstím objevit velmi cennou historickou památku. Komplex osária je ojedinělou ukázkou původního druhotného uložení lidských ostatků nebývalého rozsahu. Antropologický výzkum uloženého kosterního materiálu by navíc mohl být významným zdrojem poznání života starých obyvatel Brna. Odhaduje se, že jsou tu uloženy ostatky více než 50 tisíc lidí, mezi nimiž je mnoho obětí epidemií moru, cholery či třicetileté války. Co ale s kostnicí dál? Ponechání kostnice v situaci, ve které byla objevena, by postupně vedlo k jejímu zničení. Bez účinného systému odvětrávání by vlhkost, bakterie a plísně kosti časem zcela rozložily na prach, otřesy z blízké rušné komunikace by mohly narušit statiku podmáčených cihlových zdí. Následné hroucení klenutých stropů by zase zpětně ohrozilo nadloží kostnice a mohlo by vést až k propadům Jakubského náměstí či přilehlých ulic.

Bylo rozhodnuto, že se komplex svatojakubské kostnice zrekonstruuje a následně zpřístupní veřejnosti. K tomu bylo nutné provést celou řadu úprav. Klenby a stěny se díky původní vnější izolační jílové vrstvě nacházely většinou v dobrém stavu, bylo je ale třeba očistit, protože velké množství zde uložených kostí patřilo lidem nakaženým morem či cholerou. V novějších částech kostnice bylo také nutné položit dlažbu, neboť původní hliněnou podlahou ke kostem vzlínala vlhkost, urychlující jejich rozklad. Vyzděno muselo být chybějící čelo slepé chodby a zadní stěna komory novější kostnice. Oba tyto prostory byly také nově vybaveny odvětrávacím komínkem, protože původní větrací otvory byly již kdysi dávno zneprůchodněny. Kosti, které byly z novějších prostor osária vyneseny, se z velké části rozpadaly. Bylo proto nutné je roztřídit, očistit a ty kompaktní při návratu do podzemí pečlivě uspořádat. Ze šestnácti stupňů do řad posazených lebek bylo vyskládáno čelo slepé chodby, z lebek a holeních kostí dvě protilehlé stěny v nové komoře kostnice. Rozpadlé kosti a drobné úlomky budou pietně pohřbeny na Ústředním hřbitově.

V prosinci roku 2010 Rada města Brna schválila zahájení zadávacího řízení veřejné zakázky na zpřístupnění kostnice. Celkem by zpřístupnění Svatojakubského osária mělo přijít na 38 miliónů korun, z čehož by 13 miliónů měla tvořit dotace od EU. Pro pohodlný a základní provozní i technické zázemí poskytující přístup do osária bude vybudována podzemní vstupní hala, do které se bude sestupovat po schodišti přímo z jižní části Jakubského náměstí. V hale návštěvníci najdou informační tabule, prodejnu vstupenek, toalety či sochu Chárona – převozníka mrtvých do podzemní říše. Uvažuje se o tom, že součástí expozice budou i náhrobní kameny, objevené při otevírání hrobek v roce 2003. Vlastní kostnice by pak měla být místem historického poznání, piety i chvíle zamyšlení.

V roce 2011 bylo přistoupeno k vyklizení velké tříkomorové krypty. Práce to rozhodně není jednoduchá, ale občas přináší i příjemná překvapení. V červnu byly pod vyklízenými kosterními pozůstatky odhaleny dvě vzácné renesanční rakve, jedna z nich dokonce s původní malbou. Nalezeno bylo také zatím asi dvacet velmi pěkných přívěšků, tzv. svátostků, které se dávali zemřelým na jejich poslední cestu. Dá se předpokládat, že nové nálezy budou následovat a dále obohatí naše poznání. Lidské ostatky i všechny ostatní objevy čeká podrobný výzkum, vyklizený prostor bude očištěn, hygienicky ošetřen a důkladně prozkoumán. Zrestaurován, případně nově vybudován bude odvodňovací a odvětrávací systém, celá krypta pak stavebně zajištěna a revitalizována. Teprve poté se kosti mrtvých vrátí do velké kostnice. Bude upravena ve stylu jakési kaple, při jejíchž stěnách budou ostatky uloženy. Obklopeni kostmi tisíců zemřelých budou moci návštěvníci před velkým křížem na chvíli spočinout a ponořit se do vlastních niterních myšlenek, které nepochybně návštěva tohoto působivého osária vyvolá. Mezi mrtvé pod Jakubským náměstím by se první návštěvníci mohli poprvé podívat na konci roku 2012.